mai 19, 2022

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Des infections Delta et Omigran ont été identifiées en France

La variante omicron du virus corona 2 du syndrome respiratoire aigu aigu (SRAS-CoV-2) a été annoncée en novembre 2021 comme une variante de l’anxiété (COV) en raison de sa prévalence élevée et de son potentiel d’évasion immunitaire potentiellement élevé. La variante SARS-CoV-2 Omicron est apparue dans le contexte de la variante delta SARS-CoV-2 en circulation ; Cependant, il a surmonté la variation delta et est devenu en très peu de temps la souche de cycle dominante dans la plupart des régions du monde.

Une nouvelle étude a été publiée sur le serveur de prépublication medRxiv * Au cours de cette période, les types Omigron et Delta se sont avérés capables d’affecter les patients ayant une fonction immunitaire saine.

Étude: Preuve de co-infection lors des variations Delta et Omigran durant les semaines françaises 49-2021 à 02-2022. Crédit d’image : Corona Borealis Studio / Shutterstock.com

introduction

La détection du gène de l’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 est obtenue en utilisant une évaluation de la réaction en chaîne par transcriptase inverse-polymérase (RT-PCR) dans des échantillons de la trachée. Le test détectera trois gènes viraux, dont les gènes du cadre de lecture ouvert 1 (ORF1), de la nucléocapside (N) et de la pointe (S).

Si le gène S n’est pas détecté mais que les deux autres sont présents, il s’agit d’un échec de la cible du gène S (SGTF). Par conséquent, selon la politique nationale en vigueur en France à l’époque, la détection du SGTF était utilisée pour dépister la présence de variants SARS-CoV-2 Alpha ou Omicron contenant une excrétion de Δ69-70 dans la protéine S. Des criblages d’interaction supplémentaires ont été effectués pour les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) S : L452R et S : K417N pour une détection rapide des souches delta et omigron, respectivement.

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La variante Omicron a été détectée pour la première fois en France en décembre 2021 au cours de la 49e semaine de cette année. Entre cette date et la deuxième semaine de 2022, il y avait 2 800 échantillons positifs dans le même centre, dont 85 % ont été dépistés pour les mutations VOC.

Dans 0,2 % de ces échantillons, les deux mutations ci-dessus caractéristiques à la fois de delta et d’omigron ont été détectées, indiquant que les deux souches étaient associées au même individu, mais sans le SGTF commun du variant 21K omigran. Ces échantillons de patients ont été soumis à une étude plus approfondie.

Résultats de l’étude

Sept patients testés positifs pour les infections Delta et Omigran étaient des adultes immunodéprimés, dont un seul avait plus de 70 ans et l’autre moins de 35 ans. Tous les patients âgés sauf un qui n’ont pas été vaccinés et qui ont souffert de détresse respiratoire dans les neuf jours suivant le diagnostic ont reçu deux ou trois doses du vaccin Covit-19 et n’ont présenté aucun symptôme ou des symptômes légers.

Un séquençage génétique complet (WGS) a été réalisé sur ces patients. L’existence de mutations caractéristiques définissant le clade pour delta et omigran a été recherchée et le rapport de chacune a été déterminé. Plus précisément, les chercheurs se sont intéressés à la détection de mutations dans Delta et Omigran 23604G, S : P681R et 23604A présentant le statut 23604 ou S : P681 ; S : P681H et mutations définissant le clade, respectivement.

Distribution hebdomadaire S : L452R et S : K417N Détection du polymorphisme d'un seul nucléotide 3 237 échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 Semaines 49-2021 à 02-2022, Guillermont-Ferrand, CHU, France.

Distribution hebdomadaire S : L452R et S : K417N Détection du polymorphisme d’un seul nucléotide 3 237 échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 Semaines 49-2021 à 02-2022, Guillermont-Ferrand, CHU, France.

Deux patients ont été suivis avec des échantillons prélevés à sept et 11 jours, respectivement. Pour le premier patient, l’échantillon d’un jour a montré un rapport égal de delta et d’omigran. En revanche, dans l’échantillon du jour 11, la variance delta était supérieure à 96 % de l’échantillon, démontrant ainsi que la variance delta était supérieure à l’Omigron au jour 11.

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Pour l’autre patient, le premier jour, la variance delta est devenue 80 % de l’échantillon ; Cependant, au septième jour, le virus avait atteint 100% de la population. Dans les deux cas, le nombre et le pourcentage définissant les mutations dans tout le gène sont restés les mêmes, rejetant toute réunion entre souches.

Conséquences

Les résultats montrent que deux COV du SRAS-CoV-2 peuvent se produire lorsqu’ils se trouvent dans la même région et présentent des niveaux d’infection élevés. Bien que ces événements soient rarement signalés, ils ne sont pas aussi inhabituels qu’on pourrait le penser, car les COV ne sont généralement pas dépistés dans de nombreux pays.

En revanche, les scientifiques de cette étude ont mis en place une technique de détection de la co-infection.

L’utilisation d’évaluations RT-PCR spécifiques visant les SNP est une technique efficace pour la détection rapide des COV du SRAS-CoV-2 en circulation, et la co-infection ne peut être détectée que si différents types de SNP sont simultanément dépistés et soigneusement analysés pour les schémas de discrimination allélique .. « 

Par exemple, si des mutations supplémentaires sont détectées avec le clade alloué, cela peut indiquer la nécessité d’analyser plus avant les données WGS. Dans cette étude, les chercheurs ont observé des variations à basse fréquence pour les mutations définissant le clade et ont confirmé la présence de co-infections.

Fait intéressant, le cours médical n’a pas changé avec la grippe. Cependant, les données génétiques montrent que chacune de ces variantes peut se remplacer, comme précédemment rapporté chez les personnes immunodéprimées. Des études immunologiques aideront à comprendre dans quelle mesure il est affecté par les anticorps induits par le vaccin.

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Bien qu’il n’y ait eu aucune preuve de récidive chez les deux patients qui ont été étroitement surveillés après le diagnostic initial, il y avait une recommandation de ce phénomène dans un autre modèle de patient et une analyse plus approfondie serait nécessaire. La restauration est plus grave car elle peut conduire à l’émergence d’un nouveau variant hautement pathogène ou d’évasion immunitaire ou de contagion.

Cela souligne la nécessité d’efforts continus pour maintenir une surveillance génétique efficace des infections par le SRAS-CoV2.. « 

*Dernières nouvelles

medRxiv Publie des rapports scientifiques initiaux qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme des conseils comportementaux concluants ou des informations établies liées à la pratique médicale / à la santé